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Chiasamen können nicht „schlecht“ werden, es sei denn, sie werden unsachgemäß aufbewahrt und sind über einen längeren Zeitraum Feuchtigkeit ausgesetzt, dann können sie schimmeln. Daher sollten Chiasamen nach Öffnung der Verpackung trocken gelagert werden.
Immer häufiger werden Chiasamen inzwischen auch in Dosen verkauft (z.B. von joy.foods), die sich dann natürlich ausgezeichnet für die Aufbewahrung eignen. Bei Verpackungen empfiehlt es sich die Samen nach Anbruch im Einmachglas oder Ähnlichem aufzubewahren.
Bereits verarbeitete Chiasamen, z.B. als Chia Gel, sollten innerhalb von einer Woche verzehrt und im Kühlschrank gelagert werden.